No existe documentación escrita de los primeros orígenes del Reiki, la tradición oral ha pasado de maestro a maestro de forma piramidal, distorsionándose, por tanto, y dejando diferentes versiones sobre el origen del Reiki, aunque todas coinciden en lo básico.
En lugar de emplear mucho tiempo discutiendo el pasado y el camino exacto por el que el Reiki llegó a nosotros, me parece más fructífero usar la energía y experimentar la verdad de la realidad más amplia de todo cuanto es. Esto no significa que la historia carezca de importancia, pues como seres humanos tendemos a reaccionar basados en el pasado.

El Reiki fue redescubierto alrededor de 1870, por un doctor y sacerdote japonés llamado Mikao Usui, quien según algunas fuentes enseñaba en la Universidad cristiana Doshisha, de Kioto (Japón).

Un día sus alumnos le preguntaron cómo sanaba Jesucristo a los enfermos y que si El dijo que el que crea en Mí realizará las obras que Yo hago, y aún las hará más grandes, por que no existía en el Mundo ningún sanador capaz de realizar esas curaciones. Usui no supo responder y como el código de honor japonés obliga al maestro a responder todas las preguntas de sus discípulos, empezó una búsqueda que duro diez años y que le llevaría a sentar las bases del Reiki.

Según una versión, Usui viajó a Estados Unidos, donde permaneció siete años en la Universidad de Chicago estudiando teología y las sagradas escrituras que narraban las curaciones de Jesucristo, y aunque no encontró los secretos de los milagros de Jesús, estudiando la historia comparada de las religiones descubrió indicios de que el primer Buda, Gautama Sidharta (620-543 a. C), había realizado curaciones similares; también aprendió a leer el sánscrito, que era el antiguo idioma litúrgico de India y Tíbet.

Siguiendo esta pista, Usui viajó a India y Tíbet, donde continuo su búsqueda en los monasterios budistas, estudiando los Sutras indios, chinos y tibetanos. Los monjes le decían que el hombre tuvo la facultad de sanar el cuerpo en épocas pasadas, pero que se había perdido porque en los monasterios se había orientado únicamente hacia la sanación del espíritu, olvidándose en parte del cuerpo físico.

Pero Usui regresó a Japón y siguió investigando tenazmente y visitando monasterios. Y por fin en uno de ellos, creyó haber encontrado la respuesta que buscaba en un manuscrito, en  el que un discípulo de Buda constataba la existencia de unos símbolos y procedimientos que se remontaban a al año 2500 a C., afirmando que Buda los había utilizado en curaciones, similares a las de Jesús, y también se revelaba la forma de transmitir esas facultades a otras personas

Usui comunicó su hallazgo al abad del monasterio, que era un maestro Zen, y decidieron que debía aislarse en meditación, ayuno y oración en la montaña sagrada de Kuriyama, a 25 kilómetros de Kioto, durante tres semanas; una vez allí coloco veintiuna piedras en el suelo para medir el transcurso de los días quitando una cada día. Así pasaron los veinte primeros días sin que ocurriera nada significativo hasta que al amanecer del día veintiuno vio acercarse una especie de esfera luminosa que se dirigía hacia él, y aunque su primera reacción fue huir, decidió aceptar la realidad tal como se presentara; entonces la luz le penetró por el tercer ojo entre las cejas, se desvaneció y vio envueltos en burbujas de luz los símbolos Reiki, que se le quedaron grabados de forma indeleble..

Además con cada símbolo se le informó sobre la forma de utilizarlos para activar la energía Universal sanadora. Así tuvo lugar la primera sintonización o alineamiento Reiki, que fue la de Mikao Usui, al que le fueron revelados de esta forma los métodos de esta técnica ancestral.

En los años posteriores, Usui se dedicó a impartir el Reiki a las personas más desfavorecidas entre los mendigos de Kioto y se produjeron muchas curaciones que les devolvían la integridad física para trabajar y mantener sus familias. Pero más tarde observó, que muchos de ellos volvían a la mendicidad y al preguntarles porque lo hacían, le respondían que les resultaba más difícil volver a trabajar para ganarse la vida, y que por ello preferían mendigar y no tener responsabilidades.

Al analizar las razones de este desinterés en ganarse la vida honradamente, comprendió que solamente había curado el cuerpo físico y no el espiritual, ya que no había sabido enseñarles la gratitud y el sentido de responsabilidad de su propia existencia, y así Usui se percibió de la importancia del intercambio de energía y llegó a la conclusión de que todo acto recibido, exige una contrapartida del receptor que otorgue valor a lo recibido.

Después, Usui se consagró a extender las enseñanzas Reiki por todo el Japón, otorgando a sus discípulos la capacidad de transmitir la Energía Universal mediante la imposición de manos; así conoció a su sucesor, Chujiro Hayashi, el cual recibió las enseñanzas y la sintonizaciones directamente de él, convirtiéndose en 1925 en Gran Maestro Reiki.

Mikao Usui falleció en el año 1930 habiendo formado una decena de maestros.
La labor sucesora fue desarrollada por Hayashi, quien creó un centro clínico en Tokio, donde esta terapia se aplicaba en combinación con el ayuno y la dieta vegetariana.

En 1935 acudió a esta clínica la señora Hawayo Takata, la cual estaba enferma de un tumor en la vesícula biliar, apendicitis y asma con insuficiencia respiratoria, donde fue enviada por el cirujano que la iba a operar en el hospital de Akaska, ya que cuando iba a ser intervenida escuchó una voz en la mesa de operaciones que le decía que la operación no era necesaria; entonces ella renunció a la operación y el cirujano la mando a la clínica Reiki de Hayashi.

Takata fue internada, recibió Reiki diariamente y a los cuatro meses quedó completamente curada, solicitando a Hayashi que la aceptara como alumna; al principio este se mostró reticente, porque Takata era Hawaiana, y Hayashi no quería que el Reiki saliera del Japón. Al final ante la insistencia de Takata, accedió a impartirle la enseñanza.

En 1938 Hawayo Takata tenía ya una clínica en Hawai. Hayashi la visitó y le impartió la formación Reiki III y Maestría, designándola como sucesora, convirtiéndose en la tercera gran Maestra Reiki.
Hasta su fallecimiento, en 1980, Takata se dedicó a extender el Reiki por Estados Unidos y parte de Europa, habiendo formado a más de veinte maestros, que han desarrollado varios sistema Reiki similares en lo esencial y diferentes en el sistema de grados.

La línea descendiente de Takata la ostenta su nieta, Phillips Lai Furumoto, y la doctora Webber Ray, que al principio trabajaron juntas y luego se separaron, fundando Furumoto la asociación denominada Reiki Aliance, y Webber, la AIRA (American International Reiki Inc.)

Hoy existen más asociaciones de maestros Reiki, las cuales se diferencian en aspectos secundarios, aunque todos mantienen la esencia de las enseñanzas originales de Mikao Usui denominadas Usui Reiki Ryoho, y además otros muchos maestros Reiki enseñan de forma independiente sin pertenecer a ninguna asociación.

El movimiento Reiki no es jerárquico ni existe ninguna escala de mando, y la denominación de Gran maestro sólo la ostentan los sucesores directos de Usui-Hayashi-Takata-Furumoto.